集成生物脱硫系统的作用使沼气设备中的硫化氢可以通过微生物被去除。大部分的硫氧化细菌都属于硫杆菌属，且大多都是自养的，即他们可以利用沼气中的二氧化碳来满足其C营养的需要。硫杆菌吸收氧气、二氧化碳、硫化氢和水，主要生成物有单质硫，也有微量硫酸根。根据沼气中不同的硫化氢含量，可以往沼气中通入2%—6%的空气（通常取5%），以满足生物氧化硫化物的需要。脱硫后，残余硫化氢可达70ppm以下。